חלפון ייכנס לתפקיד ב-1 בספטמבר 2009, בתום תקופת צינון, לאחר ששימש כמעט שלוש שנים כמנהל הכללי של המשרד לקליטת העלייה, אחד מהשינויים הבולטים שהוביל היא הרפורמה במיסוי המעניקה הטבות במס לעולים ולתושבים חוזרים, וכן היישום של קמפיין נרחב לעידוד השבתם ארצה של ישראלים בחו"ל. כמנכ"ל היה אחראי ל-650 עובדים במשרד לקליטת העלייה וכן על תקציב כולל שעמד על למעלה מ-1.5 מיליארד ש"ח. לפני כן שימש חלפון כיועץ בכיר במשרד ראש הממשלה (2001-2006) בנושא הרשויות המקומיות בתקופת כהונתם של אריאל שרון ואהוד אולמרט, היה חבר בצוות חשיבה בכיר שהוקם במשרד וכן סייע לראש הממשלה במגוון נושאים אסטרטגיים. 

ארגון "נפש בנפש", ארגון עצמאי ללא מטרות רווח, www.nbn.org.il , הוקם בשנת 2002 ע"י טוני גלברט והרב יהושע פס במטרה להגביר את קצב העלייה לישראל ממדינות המערב.